L’1,5% dels casos positius per SARS-CoV-2 d’una àrea de la Catalunya Central són conseqüència de la nova variant britànica

Amb l’aparició de noves variants del SARS-CoV-2, el seu rastreig i la caracterització de les seves seqüències passa a ser primordial per seguir avançant en la lluita contra la pandèmia. El laboratori de l’Hospital Sant Joan de Déu de Manresa de la Fundació Althaia, centralitza el processament de mostres per realitzar la PCR tant dels centres de l’ICS com dels centres hospitalaris de les comarques del Bages, Berguedà, Solsonès i Moianès, és a dir una part important de la Catalunya Central. En aquestes proves es van detectar la segona setmana de gener que 13 de 757 mostres provinents de pacients amb PCR positiva per SARS-CoV-2 eren sospitoses de contenir la variant anglesa. Per tal de poder confirmar aquests resultats, l’Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa, centre impulsat conjuntament per la Fundació "la Caixa" i el Departament de Salut de la Generalitat de Catalunya, amb la col·laboració de l’Institut de Recerca Germans Trias i Pujol (IGTP), ha dut a terme la seqüenciació d’aquestes mostres i ha pogut demostrar que 11 de les 13 mostres rebudes contenien la variant britànica. Aquests són els resultats que s’han obtingut a Althaia i, ara per ara, no són aplicables a la resta de la població del país, però posen sobre la taula la importància de seqüenciar el major nombre possible de mostres de SARS-CoV-2 ja que només d’aquesta manera es podran rastrejar quines variants del virus predominen a cada moment al territori.

El sistema de detecció del SARS-CoV-2, dut a terme al laboratori d’Althaia, consisteix en una tècnica que detecta diferents parts del virus. En el cas de la variant britànica, com que la proteïna Spike (S) està modificada, el sistema de detecció reconeix totes les parts del virus, excepte la proteïna S. “Quan el sistema no detecta la proteïna S, vol dir que hem de sospitar que la mostra analitzada contingui la variant britànica”, explica Marc Noguera Julian, investigador associat del grup de Genòmica Microbiana a IrsiCaixa. “Per poder confirmar-ho, cal seqüenciar el virus sencer, és a dir, llegir lletra per lletra la informació que hi ha en el seu genoma”, afegeix.

Dels 13 casos sospitosos de ser infeccions per la nova variant, IrsiCaixa va poder seqüenciar 11 d’aquestes mostres i en totes elles es va confirmar la presència de la variant britànica. Aquests resultats confirmen que, la segona setmana de gener, l’1,5% dels casos de COVID-19 detectats per Althaia eren deguts a la variant britànica. Des de llavors, i fins la quarta setmana de gener, els casos sospitosos, encara no confirmats, han augmentat de l’1,7 al 6,04%.

“Actualment, aquests percentatges no són extrapolables a la població de Catalunya, ja que els resultats s’han obtingut en una zona territorial concreta, però podria estar passant en altres àrees. Tot plegat, ens demostra la importància de seqüenciar rutinàriament per entendre a què ens estem enfrontant”, remarca Roger Paredes, metge i investigador principal del grup de Genòmica Microbiana a IrsiCaixa. “Hem de tenir una visió general de les variants que circulen actualment per Catalunya i Espanya en general. Només així podrem aplicar les mesures pertinents”, afegeix.

IrsiCaixa, els serveis de Microbiologia i Malalties Infeccioses de l’Hospital Germans Trias i Pujol i el servei de Genòmica Translacional de l’IGTP, formen el node de seqüenciació del Campus Can Ruti, que pretén seqüenciar més de 200 mostres a la setmana. D’aquesta manera es vol contribuir a la caracterització de les diferents variants del virus que circulen actualment pel país.