IrsiCaixa desenvolupa un web per al seguiment de les variants del SARS-CoV-2 a l’Estat espanyol

Un bon control de la pandèmia passa per una revisió exhaustiva de la prevalença de les diferents variants del SARS-CoV-2. Per aconseguir-ho, l’Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa, centre impulsat conjuntament per la Fundació "la Caixa" i el Departament de Salut de la Generalitat de Catalunya, ha creat una nova pàgina web que proporciona una visió detallada de com les variants del SARS-CoV-2 van evolucionant en les diferents comunitats autònomes espanyoles. L’eina, anomenada CovidTag, és accessible al públic i permet obtenir el número total de mostres seqüenciades a cada regió. L’actualització setmanal de la informació és possible gràcies a la base de dades de GISAID, una plataforma que ofereix dades genòmiques globals relacionades amb el SARS-CoV-2.

“Des de l’inici de la pandèmia fins ara s’han seqüenciat a Espanya més de 20.000 mostres de SARS-CoV-2”, explica Marc Noguera-Julian, investigador associat a IrsiCaixa i co-creador de CovidTag. “L’objectiu d’aquesta nova pàgina web és compartir amb tothom i en directe la situació actual de la pandèmia a l’Estat espanyol, tot fent un seguiment geogràfic de les diferents variants que van apareixent”, afegeix.

Les variants del SARS-CoV-2, comunitat a comunitat

CovidTag destaca per permetre a l’usuari comparar l’evolució de les variants del SARS-CoV-2 entre les diferents comunitats autònomes espanyoles, així com contrastar la situació d’una comunitat en concret amb la de l’Estat en general. La comparació és possible gràcies a uns gràfics que mostren la prevalença de les diferents variants a cada regió al llarg del temps (Figura 1). Les dades, provinents de la base de dades de GISAID, s’actualitzen setmanalment, i això permet a CovidTag proporcionar una imatge vigent de la situació pandèmica del país.

“La quantitat de mostres seqüenciades pot ser molt dispar entre comunitats autònomes, i això cal tenir-ho en ment a l’hora d’interpretar les freqüències de les variants a cada regió”, remarca Francesc Català, data engineer a IrsiCaixa i co-creador de CovidTag. “D’aquesta manera, com més mostres hagi seqüenciat una comunitat autònoma, més representativa serà la prevalença de cada variant en aquell territori”, aclareix. De fet, en comparació a l’inici de la pandèmia, es veu un augment en el nombre de genomes del SARS-CoV-2 seqüenciats a Espanya.

Gràcies a aquesta nova eina desenvolupada per investigadors d’IrsiCaixa és possible veure com les noves variants que van apareixent van desplaçant a les anteriors. Actualment, per exemple, veiem com la variant B.1.177 (segons la nomenclatura de PANGO lineages), que és la que predominava a Espanya al llarg del 2020, està perdent presència a favor de la variant B.1.1.7, coneguda com a “variant britànica”. D’altra banda, també s’observa com Navarra és la comunitat autònoma que més mostres està seqüenciant per habitant, i com Catalunya és la regió amb més mostres totals seqüenciades de tot el territori espanyol (Figura 2).

Anticipació i mesures de contenció més eficaces

Gràcies a la seva informació, CovidTag passa a ser una eina potencialment útil no només pel personal sanitari i investigador a l’hora d’implementar estratègies de prevenció i dissenyar estudis, respectivament, sinó també per la població general interessada en fer un seguiment actualitzat de les variants del SARS-CoV-2.

“Una de les coses que ens ha ensenyat aquesta pandèmia és la necessitat de prendre mesures de restricció a temps per tal de mantenir el virus a ratlla i evitar al màxim l’aparició de noves variants”, comenta Roger Paredes, investigador principal a IrsiCaixa. “Eines com CovidTag són essencials per implementar accions de contenció de manera anticipada, ja que gràcies a elles es poden prendre decisions de manera informada i prevenir l’aparició de noves variants o l’expansió de les que ja existeixen”, conclou.